BiologieFiche 2.5 · La protéine finie : repliement, fonction et livraison
Biologie · Fiche de révision

La proteine finie : repliement, fonction et livraison

Par cœur, méthodes, pièges et réflexes concours — la fiche condensée à relire la veille.

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1Acide aminé & liaison peptidique

Par cœurla brique et le lien

Acide aminé = un carbone central Cα\mathrm{C}_\alpha portant 4 groupes : amine −NHX2\ce{-NH2}, carboxyle −COOH\ce{-COOH}, hydrogène −H\ce{-H}, et radical −R\ce{-R} variable. Seul le −R\ce{-R} change ⇒\Rightarrow 20 R = 20 acides aminés. Le −R\ce{-R} fixe le caractère : polaire (hydrophile) ou apolaire (hydrophobe) — clé du repliement.

Figure 1 — Plan universel : un C central, 3 groupes fixes, un radical R.

Liaison peptidique — le −COOH\ce{-COOH} de l'un se lie au −NHX2\ce{-NH2} du suivant, avec départ d'eau :

−COOH+HX2NX−  →condensation  −CO−NHX−+HX2O⏟1 liaison = 1 eau\ce{-COOH} + \ce{H2N-} \;\xrightarrow{\text{condensation}}\; \ce{-CO-NH-} + \underbrace{\ce{H2O}}_{\text{1 liaison = 1 eau}}

Liaison covalente. La chaîne est orientée : N-terminal (début) →\to C-terminal (fin). Réflexe : une liaison peptidique exige ≥2\ge 2 acides aminés — un ARNt chargé (1 seul AA) n'en porte aucune (annales 2022).

2Les 4 niveaux : « qui tient quel étage ? »

C'est la question la plus rentable : ne jamais confondre le niveau et la liaison qui le stabilise.

ComparatifLes 4 niveaux d'organisation
NiveauCe que c'estStabilisé par
Primaireséquence des AA (dictée par le gène)liaisons peptidiques (covalentes)
Secondairehélice α\alpha / feuillet β\betaliaisons hydrogène du squelette (C=O\ce{C=O}…N−H\ce{N-H})
Tertiaireforme 3D d'une chaîneinteractions entre radicaux −R\ce{-R} : cœur hydrophobe, ponts
Quaternairesous-unités — ex. Hb = 2α\alpha+2β\betamêmes liaisons, mais entre chaînes distinctes

Toute protéine n'a pas de quaternaire : une chaîne unique s'arrête à la tertiaire.

Piègesecondaire = squelette, pas radicaux

L'hélice α\alpha et le feuillet β\beta sont tenus par les liaisons H du squelette (C=O\ce{C=O}…N−H\ce{N-H}), pas par les radicaux. « Hélice stabilisée par les −R\ce{-R} » = faux. Ce sont les niveaux tertiaire/quaternaire qui dépendent des radicaux −R\ce{-R}.

3La forme fait la fonction — la drépanocytose

Par cœurla forme 3D est le mode d'emploi

Change la forme ⇒\Rightarrow change (ou détruit) la fonction. Quatre métiers à connaître :

  • Hémoglobine : transport de l'OX2\ce{O2} (poches sur 2α+2β2\alpha+2\beta).
  • Luciférase : émission de lumière (enzyme de la luciole).
  • Soie : résistance mécanique (feuillets β\beta empilés).
  • Anticorps (IgG) : Y de 2 chaînes lourdes + 2 légères (ponts S−S\ce{S-S}) ; parties variables = fixation de l'antigène.
Méthodela cascade drépanocytaire : chaîne β\beta, position 6, Glu →\to Val
Hb A (normale)Hb S (falciforme)
SéquenceGlu6_6 (polaire)Val6_6 (hydrophobe)
Structuresurface lisseprotubérance hydrophobe →\to s'emboîte dans une poche →\to polymérise en fibres
Fonctiontransporte l'OX2\ce{O2}transport de l'OX2\ce{O2} réduit
Globuledisque biconcavedéformé en faucille (rigide)
Piègele trio exact

Retiens β\beta / position 6 / Glu →\to Val. Cause première = changement de caractère du radical (Val hydrophobe, Glu ne l'était pas), pas un simple « défaut ».

Réflexe concoursfonctions d'une protéine — annales 2019

Ce qu'une protéine fait : catalyse (enzyme), immunité (anticorps), transport (Hb), soutien, mouvement… Mais le support de l'information génétique = l'ADN, jamais une protéine.

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